Το Τμήμα Ποιμαντικής και Κοινωνικής Θεολογίας της Θεολογικής Σχολής του Α.Π.Θ. οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο: «Ορθόδοξη Θεολογία και Χριστιανικός Πολιτισμός». Το Π.Μ.Σ.
Το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών της Σχολής Οικονομικών και Πολιτικών Επιστημών του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.).
Τα Τμήματα Οικονομικών Επιστημών της Σχολής Οικονομικών και Πολιτικών Επιστημών, Μαθηματικών, Γεωλογίας και Βιολογίας της Σχόλης Θετικών Επιστημών του ΑΠΘ οργανώνουν και λειτουργούν Διατμηματικού Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο: «Δίκτυα και Πολυπλοκότητα».
Το Τμήμα Χημείας της Σχολής Θετικών Επιστημών του Α.Π.Θ.
Το Τμήμα Γαλλικής Γλώσσας και Φιλολογίας του Α.Π.Θ. οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με δύο ειδικέυσεις: 1. Μεταφρασεολογία - Μετάφραση Λογοτεχνίας και Επιστημών του Ανθρώπου 2.
Το Τμήμα Δημοσιογραφίας και Μέσων Μαζικής Επικοινωνίας της Σχολής Πολιτικών και Οικονομικών Επιστημών του Αριστελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Ψηφιακά Μέσα, Επικοινωνία και Δημοσιογραφία" (Master of Arts in Digital Media.
Από το ακαδημαϊκό έτος 2013 - 2014 ξεκίνησε η λειτουργία του αγγλόφωνου Κοινού Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Περιβαλλοντική Εκτίμηση Κινδύνου και Διαχείριση των Παράκτιων Θαλάσσιων Φυσικών Πόρων» («Ecological Risk Assessment and Environmental Management of Coastal Resources»).
Τo Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΤΕΦΑΑ Θεσσαλονίκης & Σερρών) με έδρα το Τμήμα Επιστήμης Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης (Δ.Π.Μ.Σ.), λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Ανθρώπινη Απόδοση και Υγεία» σε τέσσερις γνωστικές.
Στα πλαίσια του ευρωπαϊκού προγράμματος Erasmus Mundus το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης συμμετέχει στο μεταπτυχιακό "Eυρωπαϊκοί Πολιτισμοί και Λογοτεχνίες".
The Erasmus Mundus programme in Turbomachinery Aeromechanics (THRUST) is a cooperation between KTH Royal Institute of Technology in Sweden, Duke University in the USA, Aristotle University of Thessaloniki in Greece (Department of Mechanical Engineering) and Université de Liège in Belgium.