Το Τμήμα Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών υλοποιεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη Λογιστική και Χρηματοοικονομική» «Master of Science (M.Sc.) in Accounting and Finance».
Tα Τμήματα Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων, Διοικητικής Επιστήμης και Τεχνολογίας και Μάρκετινγκ και Επικοινωνίας της Σχολής Διοίκησης Επιχειρήσεων του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών οργανώνουν και λειτουργούν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ).
Στα πλαίσια του Διατμηματικού Μεταπτυχιακού Προγράμματος ΜΒΑ των Τμημάτων Οργάνωσης και Διοίκησης των Επιχειρήσεων & Μάρκετινγκ και Επικοινωνίας του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών, υλοποιείται μεταπτυχιακό πρόγραμμα στην ειδίκευση "Οργάνωση και Διοίκηση Τηλεπικοινωνιακών Επιχειρήσεων και.
Το Τμήμα Διεθνών και Ευρωπαϊκών Οικονομικών Σπουδών και το Τμήμα Οικονομικής Επιστήμης της Σχολής Οικονομικών Επιστημών του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών οργανώνουν και λειτουργούν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Χρηματοοικονομική και Τραπεζική» (Master in Banking and Finance).
Το Τμήμα Οικονομικής Επιστήμης του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών οργανώνει και λειτουργεί Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Ειδίκευσης (M.Sc.) με δύο κατευθύνσεις: 1. Οικονομική Θεωρία 2.
Το Τμήμα Πληροφορικής του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταταπτυχιακών Σπουδών στην "Επιστήμη των Υπολογιστών".
To Τμήμα Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων και Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής της Σχολής Διοίκησης Επιχειρήσεων του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών και η Σχολή Μηχανολόγων Μηχανικών, της Σχολής Χημικών Μηχανικών και της Σχολής Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών του Εθνικού.
Το Τμήμα Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Διοίκηση Υπηρεσιών». Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τις εξής ειδικεύσεις: Διοίκηση Εμπειρίας Πελάτη.
Τα Τμήματα Μάρκετινγκ και Επικοινωνίας και Διοικητικής Επιστήμης και Τεχνολογίας του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών υλοποιούν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη "Διοίκηση Ανθρωπίνου Δυναμικού" (MSc in Human Resource Management) (Πλήρους και Μερικής Φοίτησης).
Το Τμήμα Πληροφορικής της Σχολής Επιστημών και Τεχνολογίας της Πληροφορίας του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο: «Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στα Πληροφοριακά Συστήματα».