Το Τμήμα Μηχανικών Πληροφοριακών και Επικοινωνιακών Συστημάτων του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Διδακτική Πληροφορικής και Επικοινωνιών".
Το Τμήμα Μηχανικών Πληροφοριακών και Επικοινωνιακών Συστημάτων του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Έρευνα στα Πληροφοριακά και Επικοινωνιακά Συστήματα" (Master by Research on Information and Communication Systems).
Το Τμήμα Επιστημών της Προσχολικής Αγωγής και του Εκπαιδευτικού Σχεδιασμού του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Νέες Μορφές Εκπαίδευσης και Μάθησης".
Το Τμήμα Μεσογειακών Σπουδών της Σχολής Ανθρωπιστικών Σπουδών με τα Τμήματα Περιβάλλοντος της Σχολής Περιβάλλοντος και Μηχανικών Σχεδίασης Προϊόντων και Συστημάτων της Σχολής Θετικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνουν και λειτουργούν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.).
Το Τμήμα Γεωγραφίας της Σχολής Κοινωνικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Ανθρωπογεωγραφία, Ανάπτυξη και Σχεδιασμός του Χώρου".
Το Τμήμα Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Επιστήμες Περιβάλλοντος» - «(M.Sc. in Environmental Sciences)». Η χρονική διάρκεια φοίτησης για την απονομή του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών ορίζεται σε τρία (3) εξάμηνα.
Το Τμήμα Μεσογειακών Σπουδών του Πανεπιστημίου Αιγαίου λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Αρχαιολογία της Ανατολικής Μεσογείου από την Προϊστορική Εποχή έως την Ύστερη Αρχαιότητα: Ελλάδα, Αίγυπτος, Εγγύς Ανατολή».
Το Τμήμα Μεσογειακών Σπουδών του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.).
Το Τμήμα Επιστημών της Προσχολικής Αγωγής και του Εκπαιδευτικού Σχεδιασμού του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ) με τίτλο: «Διδακτική Θετικών Επιστημών και Τεχνολογίες της Πληροφορίας και της Επικοινωνίας στην Εκπαίδευση: Διεπιστημονική.
Το Τμήμα Κοινωνιολογίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών με τίτλο: "Πόλη και Περιβάλλον Εφαρμοσμένη και Κλινική Κοινωνιολογία".