Το Τμήμα Επιστημών της Θάλασσας του Πανεπιστημίου Αιγαίου, σε συνεργασία με το Ελληνικό Κέντρο Θαλασσίων Ερευνών (ΕΛ.ΚΕ.Θ.Ε.) και το Ινστιτούτο Αλιευτικής Έρευνας (ΙΝ.ΑΛ.Ε.), λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Ολοκληρωμένη Διαχείριση Παράκτιων Περιοχών».
Το Τμήμα Γεωγραφίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Γεωγραφία και Εφαρμοσμένη Γεωπληροφορική». Το Π.Μ.Σ. απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τρεις ειδικεύσεις: Εφαρμοσμένη Γεωπληροφορική στην Ανθρωπογεωγραφία και στον.
Το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών σε συνεργασία με το Σώμα Ορκωτών Ελεγκτών Λογιστών υλοποιεί Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών με τίτλο "Εφαρμοσμένη Οικονομική και Χρηματοοικονομική" στην κατεύθυνση "Εφαρμοσμένη Λογιστική και Ελεγκτική".
Το Τμήμα Μεσογειακών Σπουδών της Σχολής Ανθρωπιστικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Διακυβέρνηση, Ανάπτυξη και Ασφάλεια στη Μεσόγειο».
Το Τμήμα Κοινωνικής Ανθρωπολογίας και Ιστορίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Φύλο, Πολιτισμός και Κοινωνία». Η χρονική διάρκεια φοίτησης για την απονομή του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών ορίζεται σε τρία (3) εξάμηνα.
Το Τμήμα Κοινωνιολογίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου υλοποιεί Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών με τίτλο: "Έρευνα για την Τοπική Κοινωνική Ανάπτυξη και Συνοχή". Για περισσότερες πληροφορίες: -τηλ.
To Τμήμα Μαθηματικών του Πανεπιστημίου Αιγαίου λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Στατιστική και Αναλογιστικά-Χρηματοοικονομικά Μαθηματικά». Το Π.Μ.Σ. απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με περαιτέρω εξειδίκευση σε μια από τις κατευθύνσεις: Στατιστική και Ανάλυση.
Τα Τμήματα Διοίκησης Επιχειρήσεων (επισπεύδον), Οικονομικής και Διοίκησης Τουρισμού, Περιβάλλοντος και Γεωγραφίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνουν και λειτουργούν το Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Στρατηγική Διοίκηση Τουριστικών Προορισμών και Επιχειρήσεων Φιλοξενίας».
Το Τμήμα Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Αιγαίου, σε σύμπραξη με τα Τμήματα Φυτικής Παραγωγής, Ζωικής Παραγωγής και Ανθοκομίας-Αρχιτεκτονική Τοπίου του ΤΕΙ Ηπείρου και σε συνεργασία με το Μεσογειακό Αγρονομικό Ινστιτούτο Χανίων.
Το Τμήμα Μηχανικών Πληροφοριακών και Επικοινωνιακών Συστημάτων της Πολυτεχνικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο: «Ασφάλεια Πληροφοριακών και Επικοινωνιακών Συστημάτων».