Το Τμήμα Μηχανικών Σχεδίασης Προϊόντων και Συστημάτων του Πανεπιστημίου Αιγαίου, σε σύμπραξη με το τμήμα Κλωστοϋφαντουργίας του A.Τ.Ε.Ι. Πειραιά και το τμήμα Αυτοματισμού του A.Τ.Ε.Ι. Θεσσαλονίκης, οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.).
Το Τμήμα Μηχανικών Σχεδίασης Προϊόντων και Συστημάτων του Πανεπιστημίου Αιγαίου λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο "Ολιστικά Εναλλακτικά Θεραπευτικά Συστήματα-Κλασική Ομοιοπαθητική". Για περισσότερες πληροφορίες: -τηλ.
Το Τμήμα Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών με τίτλο: "Οικολογική Μηχανική & Κλιματική Αλλαγή". Το ΠΜΣ συνδυάζει φυσική παρουσία (65% των ωρών διδασκαλίας στα μαθήματα του Ά και Β εξάμηνού) και εξ αποστάσεως διδασκαλία (35%) .
Το Πανεπιστήμιο Αιγαίου (Τμήματα Επιστημών της Θάλασσας και Περιβάλλοντος) σε συνεργασία με το Πανεπιστήμιο Montpellier II, Εργαστήριο ECOLAG (Laboratoire Ecosystemes Lagunaires), λειτουργούν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (M.Sc.) στην "Διατήρηση της Βιοποικιλότητας" (BIODIV).
Το Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων του Πανεπιστημίου Αιγαίου λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη Διοίκηση Επιχειρήσεων-ΜΒΑ». Το Π.Μ.Σ. απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) στη «Διοίκηση Επιχειρήσεων-ΜΒΑ».
Το Τμήμα Μηχανικών Οικονομίας και Διοίκησης του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο "Οικονομική και Διοίκηση για Μηχανικούς" με τις ακόλουθες κατευθύνσεις: - Χρηματοοικονομική Μηχανική - Μηχανική της Διοίκησης.
Το Τμήμα Επιστημών της Προσχολικής Αγωγής και του Εκπαιδευτικού Σχεδιασμού του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο: "Παιδικό Βιβλίο και Παιδαγωγικό Υλικό" με τις εξής κατευθύνσεις: 1) Παιδικό Βιβλίο 2).
Το Τμήμα Κοινωνικής Ανθρωπολογίας και Ιστορίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Κοινωνική και Ιστορική Ανθρωπολογία». Το Π.Μ.Σ. απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) στην «Κοινωνική και Ιστορική Ανθρωπολογία» σε δύο κατευθύνσεις.
Το Τμήμα Μαθηματικών του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο "Σπουδές στα Μαθηματικά". Το Π.Μ.Σ. απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) στις κατευθύνσεις: α) «Θεωρητικά Μαθηματικά» β).
Το Τμήμα Ναυτιλίας και Επιχειρηματικών Υπηρεσιών (ΤΝΕΥ) του Πανεπιστημίου Αιγαίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο "Ναυτιλία, Μεταφορές και Διεθνές Εμπόριο-ΝΑ.Μ.Ε" με δυνατότητα εμβάθυνσης στους ακόλουθους τομείς: α).