Το Τμήμα Φιλολογίας της Φιλοσοφικής Σχολής του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ) με τίτλο: «Κλασική Φιλολογία». Το Π.Μ.Σ. με τίτλο: «Κλασική Φιλολογία» του Τμήματος Φιλολογίας του Π.Ι. απονέμει Δ.Μ.Σ. δύο ειδικεύσεων: 1) Δ.Μ.Σ.
Το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας της Φιλοσοφικής Σχολής του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) «Βυζαντινές Σπουδές». Το Π.Μ.Σ. «Βυζαντινές Σπουδές» απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στις εξής κατευθύνσεις: α) Βυζαντινής Ιστορίας.
Το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Νεότερος και Σύγχρονος Κόσμος: Ιστορία, Λαογραφία, Ανθρωπολογία» στις ακόλουθες κατευθύνσεις: Το Π.Μ.Σ.
Το Τμήμα Φυσικής της Σχολής Θετικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων υλοποιεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Ατμοσφαιρικές Επιστήμες και Περιβάλλον». Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.).
Το Τμήμα Φυσικής της Σχολής Θετικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο "Νέες Τεχνολογίες και Έρευνα στη Διδακτική της Φυσικής".
Η Ειδική Διαπανεπιστημιακή Επιτροπή του Διακρατικού και Διαπανεπιστημιακού Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Δ.Π.Μ.Σ.) στη "Βιοτεχνολογία Τροφίμων", στην οποία συμμετέχουν τα Τμήματα Χημείας της Σχολής Θετικών Επιστημών των Πανεπιστημίων Πατρών και Ιωαννίνων, αποφάσισε για το ακαδ.
Η Ιατρικής Σχολή Πανεπιστημίου Ιωαννίνων σε σύμπραξη με το Γενικό Τμήμα Βασικών Ιατρικών Μαθημάτων Τ.Ε.Ι. Αθήνας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο "Αντιμετώπιση του Πόνου". Για περισσότερες πληροφορίες: -τηλ.
Το Τμήμα Ιατρικής της Σχολής Επιστημών Υγείας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων και το Τμήμα Νοσηλευτικής της Σχολής Επαγγελμάτων Υγείας Πρόνοιας του Τ.Ε.Ι. Ηπείρου συνδιοργανώνουν και λειτουργούν το Διιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Νοσηλευτική Φροντίδα Ενηλίκων». Το Δ.Π.Μ.Σ.