Το Τμήμα Φιλολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Γλωσσολογία». Η χρονική διάρκεια για την απονομή του Δ.Μ.Σ ορίζεται σε τέσσερα (4) ακαδημαϊκά εξάμηνα σπουδών για το Πρόγραμμα πλήρους φοίτησης.
Το Τμήμα Μαθηματικών και Εφαρμοσμένων Μαθηματικών του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί από το ακαδημαϊκό έτος 2018-2019 Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Εφαρμοσμένα και Υπολογιστικά Μαθηματικά».
Το Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Επιστήμες της Αγωγής, Κριτική Παιδαγωγωγική και Εκπαίδευση Εκπαιδευτικών». Η φοίτηση στο ΠΜΣ είναι πλήρης και διαρκεί κανονικά τρία (3) εξάμηνα.
Τα Τμήματα Χημείας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, Χημείας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, Χημείας του Αριστοτέλειου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, Χημείας του Πανεπιστημίου Πατρών, Χημείας του Πανεπιστημίου Κρήτης και Χημείας του Πανεπιστημίου Κύπρου λειτουργούν το Δ.Π.Μ.Σ.
Τα Τμήματα Παιδαγωγικό Δημοτικής Εκπαίδευσης (ΠΤΔΕ), Παιδαγωγικό Προσχολικής Εκπαίδευσης (ΠΤΠΕ) και Ψυχολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνουν και λειτουργούν Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.) με τίτλο: «Ειδική Αγωγή».
Το Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ) με τίτλο «Επιστήμες της Αγωγής - Εξ Αποστάσεως Εκπαίδευση με την χρήση των ΤΠΕ, (e-Learning)».
Το Τμήμα Βιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης σε συνεργασία με το University of Highlands and Islands του Ηνωμένου Βασιλείου και το Université de Nantes της Γαλλίας οργανώνουν και λειτουργούν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Υδατοκαλλιέργειες, Περιβάλλον και Κοινωνία" (Aquaculture.
Το Παιδαγωγικό Τμήμα Προσχολικής Εκπαίδευσης (Π.Τ.Π.Ε.) του Πανεπιστημίου Κρήτης θα λειτουργήσει από το ακαδημαϊκό έτος 2018-19 το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Επιστήμες της Αγωγής: Θεωρία και Εφαρμογές». Το Π.Μ.Σ.
Το Παιδαγωγικό Τμήμα Προσχολικής Εκπαίδευσης (Π.Τ.Π.Ε.) του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Βασισμένες στο Παιχνίδι, την Τέχνη και το Σώμα Ποιοτικές Μεθοδολογίες Έρευνας και Εναλλακτικές.
Το Τμήμα Ψυχολογίας και το Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνουν και λειτουργούν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Κλινικές Παρεμβάσεις στις Εξαρτήσεις". Η διάρκεια φοίτησης, για την απόκτηση του παραπάνω τίτλου.