Το Τμήμα Ιατρικής της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Επείγουσα και Εντατική Θεραπεία Παίδων, Εφήβων και Νέων». Το Πρόγραμμα απονέμει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Σπουδών (Μ.Δ.Σ) στην «Επείγουσα και Εντατική Θεραπεία Παίδων.
Το Τμήμα Ιατρικής της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Κρήτης και το Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας λειτουργούν από το ακαδημαϊκό έτος 2018-2019 Διιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΠΜΣ) με τίτλο «Βιοπληροφορική».
Το Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Εμβολιασμοί και Πρόληψη Λοιμώξεων σε παιδιά και εφήβους".
Το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Κρήτης σε συνεργασία με το Τμήμα Οικονομικών του Πανεπιστημίου Κύπρου και το Business Economics Group του Wageningen University της Ολλανδίας οργανώνει και λειτουργεί Κοινό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο "Technology Innovations Management &.
Στο πλαίσιο του ευρωπαϊκού προγράμματος Erasmus Mundus, το τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών του Πανεπιστημίου Κρήτης σε συνεργασία με το Πανεπιστήμιο Tilburg της Ολλανδίας και το Πανεπιστήμιο Stuttgart της Γερμανίας προσφέρει ένα νέο μεταπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών με τίτλο «Διεθνές Μεταπτυχιακό.
Το Παιδαγωγικό Τμήμα Προσχολικής Εκπαίδευσης (Π.Τ.Π.Ε.) της Σχολής Επιστημών Αγωγής του Πανεπιστημίου Κρήτης θα λειτουργήσει από το ακαδημαϊκό έτος 2018-2019 Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Εφαρμογές της Ψυχολογίας στην Εκπαίδευση: Εναλλακτικές-Βιωματικές και.
Το Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη "Γενική/Οικογενειακή Ιατρική και Πρωτοβάθμια Φροντίδα Υγείας". Για περισσότερες πληροφορίες: -τηλ.
Το Τμήμα Φυσικής του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Φωτονική και Νανοηλεκτρονική». Η ελάχιστη χρονική διάρκεια για την απονομή του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών ορίζεται σε τρία (3) εξάμηνα.
Το Τμήμα Φυσικής του Πανεπιστημίου Κρήτης, σε συνεργασία με το Ινστιτούτο Ηλεκτρονικής Δομής και Laser (ΙΤΕ).
Τα Τμήματα Ιατρικής, Επιστήμης Υπολογιστών, Φυσικής, Ψυχολογίας, Φιλοσοφικών και Κοινωνικών Σπουδών του Πανεπιστημίου Κρήτης, καθώς και τα Ινστιτούτα Υπολογιστικών Μαθηματικών και Πληροφορικής του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας (Ι.Τ.Ε).