Το Τμήμα Μηχανολόγων Μηχανικών (ΤΜΜ) του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας (ΠΘ) οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Διοίκηση Εφοδιαστικής Αλυσίδας και Logistics» (ΔΕΑL). Η ελάχιστη διάρκεια σπουδών για το ΠΜΣ είναι τρία εξάμηνα για τους φοιτητές/τριες πλήρους φοίτησης.
Το Τμήμα Αρχιτεκτόνων Μηχανικών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Επαναχρήσεις κτιρίων και συνόλων». Το Π.Μ.Σ. «Επαναχρήσεις κτιρίων και συνόλων» διαρθρώνεται σε 3 ακαδημαϊκά εξάμηνα.
Το Παιδαγωγικό Τμήμα Προσχολικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Επιστήμες της Αγωγής: Δημιουργικά περιβάλλοντα μάθησης και παιχνίδι».
Το Τμήμα Γεωπονίας Φυτικής Παραγωγής και Αγροτικού Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας θα λειτουργήσει από το ακαδημαϊκό έτος 2018-2019 το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Φυτιατρική και Περιβάλλον». Το Π.Μ.Σ.
Το Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης στη Νεφρολογική Φροντίδα». Το Π.Μ.Σ. «Μεταπτυχιακό δίπλωμα ειδίκευσης στη Νεφρολογική Φροντίδα» διαρθρώνεται σε τέσσερα (4) ακαδημαϊκά εξάμηνα.
Το Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας (Ελλάδα), το Πανεπιστήμιο Frederick (Κύπρος), και το Πανεπιστήμιο του Αμβούργου (Γερμανία), οργανώνουν και λειτουργούν Κοινό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Ευρωπαϊκό Μεταπτυχιακό Δίπλωμα ειδίκευσης στην Ναυτική Υγεία: Περιβαλλοντική Υγεία και Υγιεινή.
Το Τμήμα Βιοχημείας και Βιοτεχνολογίας του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Προηγμένες Πειραματικές και Υπολογιστικές Βιοεπιστήμες" στις εξής κατευθύνσεις: Γενετική.
Το Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Χειρουργική Παχέος Εντέρου - Ορθού». Το Π.Μ.Σ. «Χειρουργική Παχέος Εντέρου - Ορθού» διαρθρώνεται σε 3 ακαδημαϊκά εξάμηνα.
Τα Τμήματα Οικονομικών Επιστημών και Πολιτικών Μηχανικών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας σε συνεργασία με το Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών του ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης οργανώνουν και λειτουργούν Διατμηματικό - Διιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΔΠΣ).
Το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας σε συνεργασία με το Τμήμα Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής του ΤΕΙ Θεσσαλίας θα λειτουργήσει από το ακαδημαϊκό έτος 2018-19 το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Λογιστική και Ελεγκτική». Το Π.Μ.Σ.