Το Τμήμα Επιστήμης Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Άσκηση και Υγεία». Το ΠΜΣ «Άσκηση και Υγεία» διαρθρώνεται σε 3 ακαδημαϊκά εξάμηνα.
Το Τμήμα Μηχανικών Χωροταξίας, Πολεοδομίας και Περιφερειακής Ανάπτυξης (ΤΜΧΠΠΑ) του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, σε συνεργασία με το Πανεπιστήμιο Montesquieu-Bordeaux IV, υλοποιεί κοινό ελληνογαλλικό πρόγραμμα μεταπτυχιακών σπουδών (Master) με τίτλο "Πληθυσμός.
Το Τμήμα Πολιτικών Μηχανικών της Πολυτεχνικής Σχολής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας υλοποιεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών που οδηγεί σε Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.) με τίτλο "Προσομοίωση και Σχεδιασμός Έργων Πολιτικού Μηχανικού".
Το Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Επιστήμη και Τεχνολογία Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών» (Science and Technology of Electrical and Computer Engineering).
Το Τμήμα Ιατρικής της Σχολής Επιστημών Υγείας του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Βιολογία της Αναπαραγωγής - Βιοδείκτες στη Μαιευτική και Γυναικολογία - Περιγεννητική Ιατρική». Το Π.Μ.Σ.
Το Τμήματος Κτηνιατρικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, σε σύμπραξη με το Τμήμα με το Τμήμα Τεχνολόγων Γεωπόνων του ΤΕΙ Ηπείρου, υλοποιεί Διϊδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Υδατοκαλλιέργειες - Παθολογικά προβλήματα εκτρεφόμενων υδρόβιων οργανισμών».
Το Τμήμα Μηχανολόγων Μηχανικών της Πολυτεχνικής Σχολής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μετατπυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Σύγχρονες Μέθοδοι Σχεδιασμού και Ανάλυσης στη Βιομηχανίας" στις ακόλουθες κατευθύνσεις: (Α1) Ενεργειακά Συστήματα.
Το Τμήμα Βιοχημείας και Βιοτεχνολογίας της Σχολής Επιστημών Υγείας του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Βιοτεχνολογία - Ποιότητα Διατροφής και Περιβάλλοντος». Το Π.Μ.Σ.
Το Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας σε συνεργασία με το Τμήμα Νοσηλευτικής του ΤΕΙ Θεσσαλίας υλοποιεί το Διιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Πρωτοβάθμια Φροντίδα Υγείας». Το Δ.Π.Μ.Σ.
Το Τμήμα Επιστήμης Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού του Δημοκρίτειου Πανεπιστημίου Θράκης σε συνεργασία με το Τ.Ε.Φ.Α.Α. του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο "Άσκηση και Ποιότητα Ζωής".