Τα Τμήματα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών ΤΕ, Μηχανικών Τεχνολογίας Πετρελαίου και Φυσικού Αερίου ΤΕ και Μηχανολόγων Μηχανικών ΤΕ, Διοίκησης Επιχειρήσεων του ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης οργανώνουν και λειτουργούν Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Διδακτική.
Το Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων του Τ.Ε.Ι. Ανατολικής Μακεδονίας - Θράκης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραµµα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) µε τίτλο: «Πληροφοριακά Συστήματα». Η χρονική διάρκεια για την απονομή του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) είναι τρία (3).
Τα Τμήματα Μηχανικών Τεχνολογίας Πετρελαίου και Φυσικού Αερίου ΤΕ και Μηχανολόγων Μηχανικών ΤΕ, Ηλεκτρολόγων Μηχανικών ΤΕ, Διοίκησης Επιχειρήσεων, Δασοπονίας και Διαχείρισης Φυσικού Περιβάλλοντος του Τ.Ε.Ι.
Το Τμήμα Δασοπονίας και Διαχείρισης Φυσικού Περιβάλλοντος του ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Σχεδιασμός και Διαχείριση Αστικού Πρασίνου".
Το Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής Τ.Ε. του Τ.Ε.Ι. Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Προηγμένες Τεχνολογίες Πληροφορικής και Υπολογιστών".
Το Τμήμα Μηχανικών Τεχνολογίας Πετρελαίου και Φυσικού Αερίου Τ.Ε. και Μηχανολόγων Μηχανικών Τ.Ε. του Τ.Ε.Ι. Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης οργανώνει και λειτουργεί Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Συμβουλευτικές Υπηρεσίες Μηχανικής".
Tο ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης σε συνεργασία με τον Ανοιχτό Πανεπιστήμιο του Καναδά παρέχει ειδικά στον Ελλαδικό χώρο το Mεταπτυχιακό Πρόγραμμα "Master of Education in Distance Education" (MEd).
Το Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών Τ.Ε. του Τ.Ε.Ι. Α.Μ.Θ. οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο: «Καινοτομία στην Τεχνολογία και Μάνατζμεντ Μηχανικών - M.Sc. in Innovation in Technology and Engineering Management».
Το Τμήμα Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής του Τ.Ε.Ι. Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών, με τίτλο: «Λογιστική και Ελεγκτική». Το εν λόγω Π.Μ.Σ. απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.).
Το Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων του ΤΕΙ Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.).