Το Τμήμα Τεχνολόγων Γεωπόνων της Σχολής Τεχνολογίας Γεωπονίας και Τεχνολογίας Τροφίμων του ΤΕΙ Κρήτης, λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο: «Εφαρμοσμένη Επιστήμη και Τεχνολογία στη Γεωπονία» - «Master of Science (MSc) in Applied Science and Technology in Agriculture».
Τα Τμήματα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών Τ.Ε., της Σχολής Τεχνολογικών Εφαρμογών και Διοίκησης Επιχειρήσεων Ηράκλειο, της Σχολής Διοίκησης και Οικονομίας του ΤΕΙ Κρήτης, λειτουργούν το Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο: «Οργάνωση και Διοίκηση για Μηχανικούς».
Το Τμήμα Ηλεκτρονικών Μηχανικών Τ.Ε. της Σχολής Εφαρμοσμένων Επιστημών του Τεχνολογικού Εκπαιδευτικού Ιδρύματος Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Lasers, Πλάσμα και Εφαρμογές - Lasers, Plasma and Applications».
Το Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής Τ.Ε. της Σχολής Τεχνολογικών Εφαρμογών του ΤΕΙ Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο: Π.Μ.Σ. «Μηχανικών Πληροφορικής» - «Informatics Engineering».
Τα Τμήματα Μηχανολόγων Μηχανικών Τ.Ε. και Ηλεκτρολόγων Μηχανικών Τ.Ε. της Σχολής Τεχνολογικών Εφαρμογών του Τεχνολογικού Εκπαιδευτικού Ιδρύματος (Τ.Ε.Ι.) Κρήτης οργανώνουν και λειτουργούν Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.) με τίτλο: «Προηγμένα Συστήματα Παραγωγής.
Το Τμήμα Λογιστικής της Σχολής Διοίκησης και Οικονομίας του ΤΕΙ Κρήτης υλοποιεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη "Λογιστική και Ελεγκτική". Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές έχουν δυνατότητα επιλογής παρακολούθησης των μαθημάτων μη-ειδικότητας (δηλαδή 6 και 1/2 στο σύνολο των 14 μαθημάτων των Α'.
Το Τμήμα Χημείας του Πανεπιστημίου Κρήτης σε συνεργασία με τη Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών του ΤΕΙ Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο "Τεχνολογίες Προστασίας Περιβάλλοντος". Για περισσότερες πληροφορίες: -τηλ.