Το Τμήμα Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων, σε συνεργασία με τα Τμήματα Λογιστικής & Χρηματοοικονομικής και Οικονομικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Μακεδονίας, οργανώνει και λειτουργεί Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.).
Τα Τμήματα Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής της Σχολής Διοίκησης και Οικονομίας του ΤΕΙ Κρήτης και Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής της Σχολής Επιστημών Διοίκησης Επιχειρήσεων του Πανεπιστημίου Μακεδονίας.
Το Τμήμα Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων της Σχολής Επιστημών Διοίκησης Επιχειρήσεων του Πανεπιστημίου Μακεδονίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Φορολογική και Χρηματοοικονομική Διοίκηση Στρατηγικών Αποφάσεων» (Master in Taxation and Financial.
Το Τμήμα Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων της Σχολής Επιστημών Διοίκησης Επιχειρήσεων του Πανεπιστημίου Μακεδονίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Μάνατζμεντ Τουριστικών Επιχειρήσεων και Οργανισμών" (Master in Tourism Management.
Το Τμήμα Εφαρμοσμένης Πληροφορικής της Σχολής Επιστημών Πληροφορίας του Πανεπιστημίου Μακεδονίας και το Τμήμα Νομικής της Νομικής Σχολής του Δημοκρίτειου Πανεπιστημίου Θράκης (ΔΠΘ) οργανώνουν και λειτουργούν Διιδρυματικό (Διατμηματικό) Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΠΜΣ).
Το Τμήμα Μουσικής Επιστήμης & Τέχνης του Πανεπιστημίου Μακεδονίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Μουσική και Κοινωνία"στις εξής κατευθύνσεις 1. Διδακτική της Μουσικής 2.
Το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών της Σχολής Οικονομικών και Περιφερειακών Σπουδών του Πανεπιστημίου Μακεδονίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Εφαρμοσμένα Οικονομικά (Master in Applied Economics)».
Το Τμήμα Διεθνών και Ευρωπαϊκών Σπουδών του Πανεπιστημίου Μακεδονίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο "Ευρωπαϊκές Σπουδές στις Διεθνείς Υπηρεσίες και Συναλλαγές" στις ακόλουθες κατευθύνσεις: - Διεθνές Εμπόριο.
Το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Μακεδονίας και το Τμήμα Νομικής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης οργανώνουν και λειτουργούν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Δίκαιο και Οικονομία" (MSc Law and Economics) στις ακόλουθες κατευθύνσεις: 1.
Το Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης της Παιδαγωγικής Σχολής του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας, το τμήμα Εκπαιδευτικής και Κοινωνικής Πολιτικής της Σχολής Κοινωνικών, Ανθρωπιστικών Επιστημών και Τεχνών του Πανεπιστημίου Μακεδονίας.