Τα Τμήματα Μηχανικών Χωροταξίας, Πολεοδομίας και Περιφερειακής Ανάπτυξης, Πολιτικών Μηχανικών και Γεωπονίας Φυτικής Παραγωγής και Αγροτικού Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνουν και λειτουργούν το Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Βιώσιμη Διαχείριση.
Το Τμήμα Γεωπονίας Φυτικής Παραγωγής και Αγροτικού Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Τεχνολογίες και Διαχείριση Θερμοκηπίων και Θερμοκηπιακών Καλλιεργειών». Το Π.Μ.Σ.
Το Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Δεοντολογία και Ηθική στις Βιοϊατρικές Επιστήμες». Το Π.Μ.Σ. «Δεοντολογία και Ηθική στις Βιοϊατρικές Επιστήμες» διαρθρώνεται σε τρία (3) ακαδημαϊκά εξάμηνα.
Το Τμήμα Μηχανικών Χωροταξίας, Πολεοδομίας και Περιφερειακής Ανάπτυξης της Πολυτεχνικής Σχολής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας υλοποιεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Ειδικές Σπουδές στον Χωρικό Σχεδιασμό» («Advanced Planning Studies»).
Το Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Θρόμβωση και Αντιθρομβωτική Αγωγή». Το Π.Μ.Σ. «Θρόμβωση και Αντιθρομβωτική Αγωγή» διαρθρώνεται σε τρία (3) ακαδημαϊκά εξάμηνα.
Το Τμήμα Γεωπονίας Ιχθυολογίας και Υδάτινου Περιβάλλοντος του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Μεσογειακή Υδατοκαλλιέργεια». Το Π.Μ.Σ. «Μεσογειακή Υδατοκαλλιέργεια» διαρθρώνεται σε ένα (1) έτος/δύο (2).
Το Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο: «Χειρουργική Ελάσσονος Πυέλου και Περινέου». Η διάρκεια σπουδών του ΠΜΣ είναι δύο (2) διδακτικά εξάμηνα.
Το Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Ευφυή Δίκτυα Ηλεκτρικής Ενέργειας» (Smart Grid Energy Systems)». Η ελάχιστη χρονική διάρκεια φοίτησης για την ολοκλήρωση του Π.Μ.Σ.
Το Τμήμα Γεωπονίας Φυτικής Παραγωγής και Αγροτικού Περιβάλλοντος (Γ.Φ.Π.Α.Π.) του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο: «Επιστήμες και Συστήματα Αειφόρου Φυτικής Παραγωγής». Το Π.Μ.Σ. έχει διάρκεια 2 (δύο) εξάμηνα.
Το Τμήμα Μηχανολόγων Μηχανικών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Ανάλυση & Διαχείριση Ενεργειακών Συστημάτων». Η ελάχιστη διάρκεια σπουδών για το ΠΜΣ είναι τρία εξάμηνα για τους φοιτητές/τριες πλήρους φοίτησης και 5 εξάμηνα για τους.