Η μονοτμηματική Σχολή Μηχανικών Παραγωγής και Διοίκησης του Πολυτεχνείου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο: «Διοίκηση Επιχειρήσεων - Master in Business Administration (MBA)» με τις ακόλουθες ειδικεύσεις: • Μάρκετινγκ, • Χρηματοοικονομική.
Το Τμήμα Στρατιωτικών Επιστημών της Στρατιωτικής Σχολής Ευελπίδων και η Σχολή Μηχανικών Παραγωγής και Διοίκησης του Πολυτεχνείου Κρήτης οργανώνουν και λειτουργούν Διιδρυματικό Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Δ.Π.Μ.Σ.), με τίτλο: Εφαρμοσμένη Επιχειρησιακή Έρευνα και Ανάλυση.
Το Τμήμα Στρατιωτικών Επιστημών της Στρατιωτικής Σχολής Ευελπίδων και η Σχολή Μηχανικών Παραγωγής και Διοίκησης του Πολυτεχνείου Κρήτης οργανώνουν και λειτουργούν Διιδρυματικό Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Δ.Π.Μ.Σ.).
Η Σχολή Μηχανικών Παραγωγής & Διοίκησης και η Σχολή Ηλεκτρονικών Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών του Πολυτεχνείου Κρήτης οργανώνουν και λειτουργούν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Διοίκηση της Τεχνολογίας και της Καινοτομίας".
Το Τμήμα Αρχιτεκτόνων Μηχανικών της μονοτμηματικής Σχολής Αρχιτεκτόνων Μηχανικών του Πολυτεχνείου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Χώρος, Σχεδιασμός και Δομημένο Περιβάλλον». Το Π.Μ.Σ.
Η μονοτμηματική Σχολή Μηχανικών Ορυκτών Πόρων του Πολυτεχνείου Κρήτης διοργανώνει Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ) στο γνωστικό πεδίο «Μηχανική Πετρελαίου», με αντίστοιχο τίτλο στην Αγγλική γλώσσα “Petroleum Engineering”.
Το Τμήμα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών (Η.Μ.Μ.Υ.) της μονοτμηματικής Σχολής Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών (Η.Μ.Μ.Υ.) του Πολυτεχνείου Κρήτης επανιδρύει από το ακαδημαϊκό έτος 2018-2019 το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Ερευνητικό Π.Μ.Σ.
Το Τμήμα Μηχανικών Περιβάλλοντος της μονοτμηματικής Σχολής Μηχανικών Περιβάλλοντος του Πολυτεχνείου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο: «Περιβαλλοντική Μηχανική». Το Π.Μ.Σ.
Η μονοτμηματική Σχολή Μηχανικών Παραγωγής και Διοίκησης του Πολυτεχνείου Κρήτης επανιδρύει από το ακαδημαϊκό έτος 2018-2019 το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο: «Συστήματα Παραγωγής & Διοίκησης - Master in Production & Management Systems».
Η Σχολή Μηχανικών Ορυκτών Πόρων του Πολυτεχνείου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Γεωτεχνολογία και Περιβάλλον». Η ελάχιστη χρονική διάρκεια για την απονομή του Μ.Δ.Ε. είναι τρία (3) εξάμηνα.