Το Τμήμα Επιστήμης Διαιτολογίας – Διατροφής της Σχολής Επιστημών Υγείας και Αγωγής του Χαροκοπείου Πανεπιστημίου λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Εφαρμοσμένη Διαιτολογία-Διατροφή».
Τα Τμήματα Οικιακής Οικονομίας και Οικολογίας, Γεωγραφίας, Πληροφορικής και Τηλεματικής του Χαροκόπειου Πανεπιστημίου, το Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων του Πανεπιστημίου Αιγαίου και το IREST του Universite Paris I Pantheon Sorbonne οργανώνουν και λειτουργούν Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδώ (Π.Μ.Σ.).
Το Τμήμα Πληροφορικής και Τηλεματικής του Χαροκόπειου Πανεπιστημίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο "Πληροφορική και Τηλεματική" στις παρακάτω κατευθύνσεις: 1. Τεχνολογίες και Εφαρμογές Ιστού 2. Τηλεπικοινωνιακά Δίκτυα και Υπηρεσίες Τηλεματικής 3.
Το Τμήμα Οικιακής Οικονομίας και Οικολογίας του Χαροκοπείου Πανεπιστημίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο: «Εκπαίδευση και Πολιτισμός» στις ακόλουθες κατευθύνσεις: 1. Παιδαγωγική Ψυχολογία και Εκπαιδευτική Πράξη 2.
Το Τμήμα Οικιακής Οικονομίας και Οικολογίας του Χαροκόπειου Πανεπιστημίου υλοποιεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο "Βιώσιμη Ανάπτυξη" σε τρεις (3) κατευθύνσεις: 1. Τοπική Ανάπτυξη, 2. Διαχείριση Περιβάλλοντος 3. Αγωγή του Καταναλωτή Οι σπουδές στο Π.Μ.Σ.
Το Τμήμα Επιστήμης Διαιτολογίας – Διατροφής της Σχολής Επιστημών Υγείας και Αγωγής του Χαροκοπείου Πανεπιστημίου λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Διατροφή και Υγεία». Κατευθύνσεις Μεταπτυχιακού Διπλώματος Ειδίκευσης: Διατροφή και Δημόσια Υγεία Διατροφή.
Το Τμήμα Γεωγραφίας του Χαροκοπείου Πανεπιστημίου οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Εφαρμοσμένη Γεωγραφία και Διαχείριση του Χώρου». Το Π.Μ.Σ. απονέμει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.).