Το τμήμα Χημείας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών και το τμήμα Επιστήμης Φυτικής Παραγωγής του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών οργανώνουν και λειτουργούν Διιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.).
Tο νέο νομοσχέδιο για τα ΑΕΙ και ΤΕΙ φέρνει αλλαγές στο Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών Kαταργούνται από την έναρξη του ακαδημαϊκού έτους 2019-2020 οι υφιστάμενες Σχολές Αγροτικής Παραγωγής, Υποδομών και Περιβάλλοντος και Τροφίμων, Βιοτεχνολογίας και Ανάπτυξης και ιδρύονται, με έδρα την Αθήνα.
Το Τμήμα Επιστήμης Τροφίμων και Διατροφής του Ανθρώπου (Ε.Τ.Δ.Α.) του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο: «Τρόφιμα, Διατροφή και Υγεία (Food, Nutrition and Health)». Το Π.Μ.Σ.
Το Τμήμα Επιστήμης Τροφίμων και Διατροφής του Ανθρώπου (Ε.Τ.Δ.Α.) του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο: «Σύγχρονη Τεχνολογία Τροφίμων. Γαλακτοκομία - Οινολογία».
Το Τμήμα Επιστήμης Φυτικής Παραγωγής του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο: «Ολοκληρωμένα Συστήματα Φυτοπροστασίας και Διαχείρισης του Περιβάλλοντος». Η χρονική διάρκεια για την απονομή του Μ.Δ.Ε.
Το Τμήμα Επιστήμης Φυτικής Παραγωγής του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο: «Καινοτόμες εφαρμογές στην Αειφορική Γεωργία, στη Βελτίωση Φυτών και στην Αγρομετεωρολογία». Το πρόγραμμα Σπουδών του Π.Μ.Σ.
Το Τμήμα Επιστήμης Φυτικής Παραγωγής (ΕΦΠ) του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο: «Τομείς Αιχμής και Καινοτόμες Εφαρμογές στην Παραγωγή και Συντήρηση Οπωροκηπευτικών και Ανθοκομικών Ειδών». Το πρόγραμμα Σπουδών του Π.Μ.Σ.
Το Τμήμα Αξιοποίησης Φυσικών Πόρων και Γεωργικής Μηχανικής (ΑΦΠ και ΓΜ) του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών θα λειτουργήσει το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο: «Φυσικοί Πόροι, Γεωπεριβάλλον, Γεωπληροφορική και Γεωργική Μηχανική». Το Π.Μ.Σ.
Το Τμήμα Επιστήμης Φυτικής Παραγωγής της Σχολής Αγροτικής Παραγωγής, Υποδομών και Περιβάλλοντος του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Αγρο.
Το Τμήμα Βιοτεχνολογίας της Σχολής Τροφίμων Βιοτεχνολογίας και Ανάπτυξης του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακό Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Βιολογία Συστημάτων (Systems Biology)».