Το Τμήμα Φιλολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης και το Ινστιτούτο Μεσογειακών Σπουδών του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας οργανώνουν και λειτουργούν Διιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Θεατρικές και Κινηματογραφικές Σπουδές».
Το Παιδαγωγικό Τμήμα Προσχολικής Εκπαίδευσης (Π.Τ.Π.Ε.) του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Επιστήμες της Αγωγής: Αναπτυξιακή Ψυχολογία και Παιδαγωγικές Εφαρμογές». Η χρονική διάρκεια για την απονομή του Μ.Δ.Ε.
Το Παιδαγωγικό Τμήμα Προσχολικής Εκπαίδευσης (Π.Τ.Π.Ε.) του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Επιστήμες της Αγωγής: Παιδαγωγική και Διδακτική Πράξη». Το Π.Μ.Σ.
Το Παιδαγωγικό Τμήμα Προσχολικής Εκπαίδευσης (Π.Τ.Π.Ε.) του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Επιστήμες της Αγωγής: Σχολική Ψυχολογία-Πρόληψη και Ψυχοπαιδαγωγικές Παρεμβάσεις για Παιδιά Προσχολικής και Σχολικής Ηλικίας».
Το Τμήμα Ιατρικής της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Κρήτης και το Ινστιτούτο Βιολογίας, Φαρμακευτικής Χημείας και Βιοτεχνολογίας του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών λειτουργούν Διιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Ογκολογία: από την Ογκογένεση έως τη θεραπεία».
Το Παιδαγωγικό Τμήμα Προσχολικής Εκπαίδευσης (Π.Τ.Π.Ε.) του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει και λειτουργεί το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο: «Επιστήμες της Αγωγής: Τέχνη και Εκπαίδευση». Η χρονική διάρκεια για την απονομή του Μ.Δ.Ε. ορίζεται σε τέσσερα (4) διδακτικά εξάμηνα.
Τα Τμήματα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών Τ.Ε., της Σχολής Τεχνολογικών Εφαρμογών, Ηλεκτρονικών Μηχανικών Τ.Ε., της Σχολής Εφαρμοσμένων Επιστημών, του Τεχνολογικού Εκπαιδευτικού Ιδρύματος Κρήτης, Χημείας και Επιστήμης και Τεχνολογίας Υλικών, του Πανεπιστημίου Κρήτης.
Το Τμήμα Χημείας της Σχολής Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Κρήτης συνδιοργανώνει και λειτουργεί με τα Τμήματα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών Τ.Ε. της Σχολής Τεχνολογικών Εφαρμογών και Τεχνολόγων Γεωπόνων της Σχολής Τεχνολογίας Γεωπονίας και Τεχνολογίας Τροφίμων του ΤΕΙ Κρήτης.
Το Τμήμα Φιλολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει από το ακαδημαϊκό έτος 2018 - 2019 Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (στο εξής Πρόγραμμα) με τίτλο «ΒΥΖΑΝΤΙΝΗ ΚΑΙ ΝΕΟΕΛΛΗΝΙΚΗ ΦΙΛΟΛΟΓΙΑ». Το Π.Μ.Σ. απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) στις εξής ειδικεύσεις: 1. Βυζαντινή Φιλολογία 2.
Το Τμήμα Φιλολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει από το ακαδημαϊκό έτος 2018-2019 Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «ΚΛΑΣΙΚΕΣ ΣΠΟΥΔΕΣ». Το πρόγραμμα απονέμει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) στις «Κλασικές Σπουδές». Η χρονική διάρκεια για την απονομή του Δ.Μ.Σ.