Το Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων του TEI Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο: «Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) στη «Δημόσια Διοίκηση και Τοπική Αυτοδιοίκηση».
Το Τμήμα Τεχνολόγων Γεωπόνων της Σχολής Τεχνολογίας Γεωπονίας και Τεχνολογίας Τροφίμων και Διατροφής του Τ.Ε.Ι. Θεσσαλίας, και ειδικότερα το Εργαστήριο Αρωματικών και Φαρμακευτικών Φυτών, οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.).
Το Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων του ΤΕΙ Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Διοίκηση Εκπαιδευτικών Μονάδων». Η χρονική διάρκεια για την απονομή του ΜΔΕ ορίζεται σε τρία (3) διδακτικά εξάμηνα.
Το Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής Τ.Ε. της Σχολής Τεχνολογικών Εφαρμογών του Τ.Ε.Ι. Θεσσαλίας με έδρα τη Λάρισα οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) εξειδίκευσης στο γνωστικό αντικείμενο «Μηχανικών Η/Υ και Συστημάτων.
Το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας σε συνεργασία με το Τμήμα Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής του ΤΕΙ Θεσσαλίας θα λειτουργήσει από το ακαδημαϊκό έτος 2018-19 το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Λογιστική και Ελεγκτική». Το Π.Μ.Σ.
Το Τμήμα Τεχνολόγων Γεωπόνων της Σχολής Τεχνολογίας Γεωπονίας και Τεχνολογίας Τροφίμων και Διατροφής του Τ.Ε.Ι.
Το Τμήμα Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής του Τ.Ε.Ι Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Βιώσιμη Επιχειρηματικότητα" (MSc of Science in Sustainable Entrepreneurship).
Τα Τμήματα Λογοθεραπείας, Νοσηλευτικής και Φυσικοθεραπείας του Τ.Ε.Ι.
Το Τμήμα Πολιτικών Μηχανικών Τ.Ε. με έδρα τη Λάρισα της Σχολής Τεχνολογικών Εφαρμογών του Τ.Ε.Ι. Θεσσαλίας υλοποιεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) Ειδίκευσης στο γνωστικό αντικείμενο «Σύγχρονες Τεχνολογίες Έργων Διαχείρισης Περιβάλλοντος» (MSc in Advanced Environmental Management.
Το Τμήμα Πολιτικών Μηχανικών Τ.Ε. (Τρίκαλα) του Τ.Ε.Ι. Θεσσαλίας οργανώνει και λειτουργεί ΠΡόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο "Αρχιτεκτονική και Δομοστατική Αποκατάσταση Ιστορικών Κτιρίων και Συνόλων".